De CDZ bestaat uit de dienst van de Administrateur-generaal en drie andere diensten:
Op de financiële, boekhoudkundige en actuariële dienst werken momenteel een kleine dertig medewerkers (zoals inspecteurs, controleurs of administratieve assistenten). De dienst zorgt voor een financiële en boekhoudkundige controle van de activiteiten van de ziekenfondsen, landsbonden van ziekenfondsen en maatschappijen van onderlinge bijstand. Veel medewerkers van die dienst gaan dus ter plaatse om die controles uit te voeren. Deze dienst staat ook in voor de boekhouding van de CDZ zelf.
De juridische dienst heeft een tiental medewerkers, vooral juristen. Zij zien erop toe dat de wettelijke en reglementaire bepalingen die van toepassing zijn op de gecontroleerde entiteiten correct nageleefd worden. Dat doen ze onder andere door de statuten van die entiteiten en de wijzigingen eraan te analyseren. De juridische dienst onderzoekt ook de vaststellingen van de financiële dienst en stelt eventueel sancties voor aan het beheersorgaan. Tot slot behandelt de juridische dienst de klachten die tegen ziekenfondsen ingediend worden.
Op de dienst algemene zaken en personeel werken ook een tiental medewerkers (zoals informatici, vertalers of administratief deskundigen). De dienst biedt logistieke, communicatieve, administratieve en IT-ondersteuning aan de andere diensten en aan de dienst van de Administrateur-generaal.